Percanggahan yang wujud dalam CSTO terungkap pada bulan Disember, ketika negara-negara anggota - Armenia, Belarus, Kazakhstan, Kyrgyzstan, Rusia dan Tajikistan - gagal menyetujui setiausaha jeneral untuk menggantikan penguasa Rusia, Nikolay Bordyuzha. Kedudukan itu ditetapkan untuk berganti menjadi calon Armenia, tetapi ini ditangguhkan hingga April ketika presiden Kazakhstan dan Belarus gagal hadir ke sidang kemuncak organisasi pada bulan Oktober dan Disember 2016, yang menghalang perjumpaan daripada mencapai kuorum.
Ini menambah kecurigaan bahawa Belarus dan Kazakhstan mengutamakan hubungan istimewa dengan Azerbaijan atas persekutuan mereka yang lebih formal dengan Armenia. Yerevan kecewa dalam beberapa tahun terakhir dengan sekutu CSTO menjual senjata kepada pesaingnya (dan bukan anggota), serta kurangnya reaksi terhadap insiden ketenteraan di sepanjang sempadan Armenia-Azerbaijan.
Kecurigaan ini timbul setelah serangan tentera yang dilaporkan pada 29 Disember. Sementara Armenia dan Azerbaijan masing-masing menyalahkan yang lain atas kejadian itu, mayat seorang askar Azerbaijan yang diambil di wilayah Armenia menyokong tuntutan serangan Azerbaijan ke tanah Armenia. Setiausaha Jeneral Rusia yang keluar sepertinya berpihak kepada Armenia, mengecam kejadian itu sebagai 'provokasi'. Tetapi dia mengundurkan diri beberapa hari kemudian, dan pernyataan itu tidak disuarakan oleh anggota CSTO yang lain.
Dalam pertempuran di masa depan antara pasukan Armenia dan Azerbaijan, seorang setiausaha jeneral Armenia diharapkan untuk mengambil sikap yang lebih keras. Ini adalah sesuatu yang ditakuti oleh Belarus, Kazakhstan dan bahkan Rusia - untuk tidak mengatakan apa-apa mengenai Azerbaijan.
Tetapi ironinya adalah bahawa sementara CSTO berusaha untuk tidak terlibat dalam konflik Armenia-Azerbaijan, ketidakfungsiannya mungkin masih menyeretnya ke dalam Pertikaian Nagorny Karabakh. Walaupun perselisihan itu berada di luar bidang kuasa CSTO, kegagalannya untuk bertindak sebagai pencegah menentang keganasan berulang sepanjang sempadan Armenia – Azerbaijan menambah dinamika negatif di sekitar konflik dan meningkatkan keseluruhan ketidakamanan wilayah. Lebih-lebih lagi, ada risiko tinggi bahwa eskalasi antara Azerbaijan dan Nagorny Karabakh dapat meluas ke Armenia, meminta respons CSTO.
Sebagai tambahan, percubaan Rusia untuk meletakkan CSTO sebagai penyeimbang kepada NATO dapat memusuhi Armenia. Negara ini berusaha mengimbangi hubungan pertahanannya antara kedua blok tersebut, dan merupakan satu-satunya anggota CSTO yang menyumbang kepada operasi pengaman NATO. Sekiranya hubungan antara kedua blok itu terbuka secara konfrontatif, itu akan menjadi cabaran nyata bagi Yerevan untuk melakukan manuver di antara keduanya.
Yang benar adalah bahawa CSTO adalah komponen upacara hubungan dua hala Armenia-Rusia; ini adalah pakatan ketenteraan dengan Rusia yang seharusnya mengira keselamatan Armenia. Ini menimbulkan persoalan sama ada modal politik, kewangan dan manusia yang telah dilaburkan oleh Armenia dalam CSTO bernilai untuk terjebak dalam blok ketenteraan yang tidak berfungsi dan tidak berkesan. Demi kepentingan dirinya dan wilayah, pemikiran semula dalam kebijakan pertahanan mungkin berjalan lancar.
